L’alliance est placée sous la responsabilité d’un Conseil de l’alliance, qui est l’instance décisionnaire. Celui-ci organise la coopération des membres dans ses grandes lignes, suit les accords de coopération entre les partenaires et veille au bon fonctionnement de ces accords. Le Conseil de l’alliance est aussi en charge de la concertation des politiques d’innovation et de valorisation des partenaires. Un représentant de l’ANR est invité à participer, avec voix consultative, à toutes les réunions du Conseil relatives aux questions de programmation.

Le Conseil de l’alliance est composé des présidents et directeurs généraux des 12 membres fondateurs et de deux représentants des 11 membres associés (Andra et IFP-Énergies nouvelles) qui ne représentent pas leur propre organisme mais sont garants des intérêts et des positions du collectif des membres associés. Ils ne seront pas éligibles au Bureau de l’alliance.

Un.e président.e et cinq vice-président.es sont élu.es au sein du Conseil, parmi les représentant.es titulaires ou suppléants des membres fondateurs, pour un mandat de 2 ans renouvelable. 

Une délégation générale, constituée de 2 personnes, une nommée par INRAE l’autre par le CNRS, coordonne, administre et organise les activités de l’alliance. Elle met en œuvre et assure le suivi de toute action décidée par le Conseil et le Bureau de l’alliance.

Le.la président.e et les vice-président.es de l’alliance constituent le Bureau du Conseil de l’alliance et assurent la direction exécutive de l’alliance, assisté.es par la délégation générale, instance opérationnelle placée sous la responsabilité du. de la Président.e.

Le Bureau du conseil de l’alliance prépare les réunions du Conseil de l’alliance et, notamment, les ordres du jour, s’assure de la mise en œuvre et du suivi des actions décidées par le Conseil et rend compte de ses missions au Conseil.

Un Comité de pilotage scientifique composé des directeurs scientifiques des membres, a pour principale mission d’instruire et de préparer les décisions du Conseil en matière de politique scientifique, en relation avec les animateurs des groupes scientifiques et notamment :

• organiser la consultation de ces groupes scientifiques,
• proposer au Conseil de l’alliance leur feuille de route, et identifier les activités transversales,
• mettre en place ou participer à des actions d’animation scientifique sur des sujets d’intérêt pour l’alliance,
• débattre des documents de synthèse préparés par la délégation générale,
• proposer une stratégie coordonnée en matière d’infrastructures de recherche, de systèmes d’observation et de services d’information environnementale et préparer la mise à jour de la feuille de route nationale des infrastructures de recherche, en lien avec le groupe transversal infrastructures de recherche de l’alliance,
• élaborer une feuille de route et préparer les priorités programmatiques proposées aux agences de financement, notamment l’ANR,
• proposer des modifications de la structuration scientifique de l’alliance (création ou suppression de groupes scientifiques ou transversaux, constitutions de groupes ad hoc sur des sujets transversaux, …),
• suivre les travaux menés par les groupes chargés de missions spécifiques (à la demande des Ministères par exemple),
• d’une manière générale, proposer toute action, programme ou partenariat, visant à assurer une meilleure coordination des membres de l’alliance et une plus grande efficacité de la recherche et de l’enseignement supérieur dans les domaines d’intérêt de l’alliance.

Il s’appuie sur des organes d’animation et d’expertise scientifiques (Groupes thématiques, Grands Enjeux et Groupes inter-alliances) pour instruire, à la demande du Conseil, toute question relative à la stratégie scientifique d’AllEnvi de manière transversale et inter-organismes.